辅酶Q10广泛存在于细胞膜中，尤其是线粒体膜中，主要分布在心脏、肺、肝脏、肾脏、脾脏、胰腺和肾上腺。辅酶Q10的全身含量仅为500~1500mg，但是却发挥着重要的作用。
辅酶Q10在心脏、肾脏、肝脏、肌肉中含量比较高，同时在人体中95％的辅酶Q10作为泛醇(还原型Ubiquinol)的形式存在，但是脑和肺除外，推测可能是由于这两种组织中氧化应激较多，将泛醇氧化成了氧化形式的泛醌(氧化型Ubiquinone)。
随着年龄的下降，人体中辅酶Q10的含量会逐渐降低。以20岁为标准线，在80岁的时候，各个人体部位的辅酶Q10自然衰减为：
肝脏：83.0%
肾脏：65.3%
肺部：51.7%
心脏：42.9%
因此，一般默认，心脏是最需要补充辅酶Q10的器官，或者说很多老年性的心脏不适来源于辅酶Q10。
比较有意思的是最近针对澳大利亚服用补充剂辅酶Q10的调查显示：辅酶Q10在血液中的含量会随着年龄的增长而增加（在未服用任何增加辅酶Q10的保健品和药物的情况下），可能是由于骨骼肌由于衰老造成细胞消耗，细胞内的辅酶Q随着细胞死亡而向血液排出的后果。
