紫锥菊提取物的抗菌活性并非直接杀灭病原体（强度弱于抗生素），而是通过抑制病原体增殖、增强机体对病原体的清除能力实现，主要机制包括：
抑制病原体的黏附和入侵
其活性成分（如咖啡酸衍生物、烷基酰胺）可干扰细菌（如金黄色葡萄球菌、大肠杆菌）和真菌（如白色念珠菌）的细胞膜结构，降低其对宿主细胞（如皮肤、黏膜细胞）的黏附能力，减少病原体入侵机会。例如，体外实验显示，紫锥菊提取物可抑制金黄色葡萄球菌的生物膜形成（生物膜是细菌耐药和持续感染的重要原因）。
增强免疫细胞的吞噬功能
紫锥菊中的多糖和糖蛋白可激活巨噬细胞、中性粒细胞等免疫细胞，增强其对病原体的吞噬和清除效率。例如，对流感病毒、呼吸道合胞病毒（RSV）等，紫锥菊提取物可通过促进巨噬细胞释放抗病毒细胞因子（如干扰素），间接抑制病毒复制。
协同抗生素增效
研究发现，紫锥菊提取物与部分抗生素（如青霉素、红霉素）联用，可增强对耐药菌的抑制效果，可能与其破坏细菌细胞膜、促进抗生素渗透有关。
